Les bactéries, champignons et virus influencent la biologie du cancer. Voici comment les étudier

C’est ce qu’on appelle le microbiote tumoral, et c’est l’ensemble des bactéries, champignons, virus et autres micro-organismes qui peuplent le tissu néoplasique. Depuis quelque temps, il fait l’objet d’un examen minutieux par les chercheurs du monde entier car il est considéré comme un élément fondamental du microenvironnement tumoral. Une étude qui vient de paraître dans la revue Cellule cancéreuserédigé par des chercheurs des États-Unis, d’Israël, d’Autriche et d’Italie, fait aujourd’hui le point sur ce domaine de recherche : parmi les auteurs il y a aussi Maria Rescignoprofesseur de pathologie générale à l’Université Humanitas et chef du laboratoire d’immunologie muqueuse et de microbiote de l’Institut clinique Ircss Humanitas, ainsi que directeur du centre de recherche CeMM pour la médecine moléculaire de l’Académie autrichienne des sciences à Vienne. les résultats conduiront à une détection plus fiable et reproductible des microbes associés au cancer.

Pas seulement les intestins

Depuis quelques temps, grâce à la validation de différents modèles cliniques et précliniques, les scientifiques savent que le microbiote intestinal a un impact profond sur le développement des tumeurs et module l’efficacité des traitements d’immunothérapie. Par ailleurs, les études internationales les plus récentes ont mis en évidence que la modification des communautés microbiennes peut avoir des répercussions qui vont bien au-delà de l’intestin et des tumeurs intestinales, et s’étendent également à des tumeurs localisées dans des organes éloignés, notamment le cerveau, le foie, le pancréas, les os et la peau. « Cela – explique Rescigno – démontre que les microbes associés aux tumeurs ne sont pas de simples spectateurs, mais des modulateurs actifs de la biologie tumorale et de la réponse aux thérapies. Leur étude rigoureuse reste complexe, en raison de leur faible nombre dans les tissus tumoraux, du risque de contamination et biais méthodologique, mais comprendre leur rôle sera fondamental pour développer des stratégies thérapeutiques plus ciblées.

Modulateurs actifs de la maladie

Précisément pour nier un prétendu rôle « passif » du microbiote, les chercheurs soulignent dans l’étude comment les composants structurels des microbes, tels que les acides nucléiques et les fragments de paroi cellulaire, ainsi que leurs produits métaboliques, peuvent atteindre la tumeur à travers la circulation sanguine, modifiant directement les programmes immunitaires et cellulaires du microenvironnement. Mais ce n’est pas tout : dans certains cas, des micro-organismes viables se déplacent de l’intestin ou d’autres muqueuses pour interagir directement avec le tissu néoplasique et influencer l’immunité locale. C’est précisément cette évidence qui a conduit à une définition plus précise et plus profonde du microbiote tumoral, compris aujourd’hui comme l’ensemble des micro-organismes et de leurs composants moléculaires, notamment les acides nucléiques, les protéines et les métabolites, présents dans la tumeur et sa « niche écologique », tous capables d’interagir avec les cellules de l’hôte. Bref, bien plus que de « simples » micro-organismes : « L’objectif – ajoute-t-il Luca Tiraboschiun autre des auteurs du travail, chercheur au Laboratoire d’Immunologie Mucosale et Microbiote de Humanitas – est de surmonter le débat sur la simple présence microbienne et de se concentrer sur des questions cliniquement pertinentes : comment les microbes associés aux tumeurs influencent la biologie tumorale et la réponse aux thérapies et s’ils peuvent représenter des biomarqueurs utiles pour guider des stratégies thérapeutiques plus efficaces et personnalisées ».

La nécessité de normes partagées

Les travaux qui viennent d’être publiés soulignent également que l’étude rigoureuse de ces micro-organismes intratumoraux présente des difficultés pratiques considérables, principalement en raison de leur rareté dans les tissus, du risque élevé de contamination externe et d’éventuelles biais méthodologique. Pour endiguer ces problèmes et éviter les erreurs d’interprétation, le document recommande le recours à des approches combinées et complémentaires, notamment le séquençage génétique,imagerietests fonctionnels et cultures microbiennes pour confirmer la viabilité et le rôle causal des microbes ; les experts proposent également l’adoption de normes minimales de reporting pour garantir que les résultats obtenus soient reproductibles entre les différents laboratoires. Le but ultime de cet effort de collaboration internationale est d’aller au-delà du simple débat sur la présence de microbes pour se concentrer sur leur potentiel clinique et leur utilisation comme biomarqueurs. Comprendre en détail les mécanismes par lesquels agit le microbiote tumoral ouvre la voie à des interventions ciblées pour améliorer la réponse à la chimiothérapie, à l’immunothérapie et à d’autres traitements. Comme l’ont souligné les chercheurs, l’établissement de cette feuille de route de normes expérimentales constitue une base solide et rigoureuse pour le développement de futures applications en oncologie de précision.