Un voyage parmi les micro-organismes qui peuplent notre alimentation

Protéines, graisses, glucides, fibres, vitamines. Nous avons l’habitude de penser à ces ingrédients lorsque nous parlons de nourriture. On prend rarement en compte la présence de micro-organismes dans ce que nous mangeons. Combien y en a-t-il et quels sont-ils ? C’est ce que révèle une nouvelle étude, dirigée par Nicolas Segata de l’Université de Trente et de l’Institut Européen d’Oncologie de Milan (parmi les structures d’excellence en gastro-entérologie), qui pourraient être utiles aussi bien à l’industrie alimentaire d’une part qu’aux médecins pour faire la lumière sur notre santé d’autre part.

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À la chasse aux métagénomes

Les recherches de Segata et de ses collègues sont parties de la nourriture. Elle s’est notamment concentrée sur l’analyse du microbiome – la composante génétique du microbiote – de différents types d’aliments, fermentés ou non.

Les chercheurs ont mené une véritable analyse métagénomique alimentaire, c’est-à-dire qu’ils se sont consacrés à l’analyse de l’ensemble du génome microbien associé aux différents aliments, avec un travail de séquençage impressionnant. Au total, en effet, les scientifiques en ont rassemblé environ 2 500, désormais rassemblées dans une base de données (curatedFoodMetagenomicData). À partir de celles-ci, les chercheurs ont tenté d’identifier les différentes espèces de micro-organismes présents, réussissant à en identifier plus de 1 100. « Nous pouvons désormais commencer à utiliser ces données pour mieux comprendre comment la qualité, la conservation, la sécurité et d’autres caractéristiques des aliments sont liées aux microbes qu’ils contiennent. contenir », a expliqué Segata.

Aliments contenant différents micro-organismes, certains plus que d’autres

Pour l’instant en effet, les travaux des chercheurs ont été de nature « compilation » et ont permis de constituer un référentiel de tous les microbes que nous consommons. Mais en établissant ce point de départ, les scientifiques ont déjà réussi à mieux comprendre ce qui lie les différents aliments les uns aux autres, et les aliments à nous-mêmes. En fait, comme on le raconte dans les pages de Cellulenon seulement leurs travaux leur ont permis de tripler la quantité de métagénomes extraits des aliments, mais ils ont également permis de confirmer que certains aliments en sont plus riches. des autres.

Nous ne parlons pas de valeur nutritionnelle, mais plutôt de diversité microbienne dans ce cas : ainsi par exemple, comme prévu, les aliments non fermentés ont une plus grande diversité microbienne que les aliments fermentés et une grande variabilité a été observée notamment chez les poissons non fermentés, suivi par des tubercules et des racines fermentées et donc par des viandes et des graines fermentées. Les chercheurs ont également confirmé que les micro-organismes d’une même catégorie d’aliments étaient plus semblables entre eux qu’avec ceux d’une autre catégorie. Et encore : certains aliments plus que d’autres contenaient cependant une part d’espèces inconnues, comme le pulque (vin d’agave) et le thé fermenté.

Parmi les espèces les plus représentées dans les aliments figurent divers lactobacilles, lactocoques, acétobactéries, mais aussi des levures comme Debaryomyces hansenii et le Saccharomyces cerevisiae. Enfin, les chercheurs ont observé une sorte de signature microbienne, c’est-à-dire une spécificité des aliments imputable à la zone d’origine (une cinquantaine de pays pris en compte), utile pour faire la lumière sur l’origine des produits, a expliqué Segata.

Comprendre comment les micro-organismes affectent notre santé

L’autre partie intéressante des travaux a consisté à comparer le contenu microbien des aliments avec des métagénomes extraits du microbiote intestinal et oral humain provenant d’une quarantaine de pays différents. Le résultat montre un chevauchement moyen de 3 % pour un adulte, mais bien plus important pour un nouveau-né (environ 56 %).

« Cela peut sembler n’être qu’un petit pourcentage, mais ces 3 % peuvent être extrêmement pertinents pour le fonctionnement des micro-organismes dans notre corps », a conclu Segata. « Avec cette base de données, nous pouvons commencer à examiner à grande échelle comment les propriétés microbiennes de nos organismes. la nourriture pourrait avoir un impact sur notre santé. En fait, notre microbiote pèse en moyenne environ 1,5 kg et compte des milliards et des milliards d’habitants, ce qui peut influencer notre santé de multiples façons : ces 3 % ne sont peut-être pas si peu.

Par exemple, les espèces partagées entre l’alimentation et l’espèce humaine comprennent Lactobacillus paracasei, Escherichia coli, Enterobacter hormaechei et Bifidobacterium longum. Et encore : la correspondance entre l’alimentation et le microbiome humain était plus grande lorsque les selles étaient analysées, et notamment pour les populations occidentales, mais il est possible que cela soit imputable à un défaut d’échantillonnage, concluent les auteurs.