Microbiote intestinal : les effets à long terme des antibiotiques

Les antibiotiques sont une arme cruciale contre les mauvaises bactéries qui menacent notre santé. Mais, avec leur puissante action antimicrobienne, ils n’épargnent même pas la population de « bonnes » bactéries qui vit dans l’intestin humain. ils peuvent modifier le microbiote intestinal pendant de nombreuses années et, dans certains cas, une seule cure de médicaments peut avoir des effets durables.

Le lien antibiotique-microbiote

Telles sont les conclusions auxquelles est parvenue une équipe de scientifiques dans une nouvelle étude menée en Suède et publiée dans Médecine naturelle. Les auteurs voulaient étudier plus en profondeur l’effet « tir ami » que pourraient produire ces médicaments si importants pour le traitement d’infections graves et axés sur la communauté bactérienne intestinale connue sous le nom de microbiote.

Des études épidémiologiques antérieures ont identifié un lien entre l’utilisation excessive d’antibiotiques et un risque accru de certaines maladies, comme le diabète de type 2 et les infections gastro-intestinales. Les raisons de ces observations ne sont pas tout à fait claires, soulignent les experts, mais on pense que les changements dans le microbiote intestinal jouent un rôle. Tout cela soulève des questions sur l’impact à long terme des antibiotiques sur le microbiote intestinal. Le phénomène à court terme est connu et significatif, mais jusqu’à présent, il n’était pas clair combien de temps les changements provoqués persisteraient.

Dans l’étude récemment publiée, les auteurs ont découvert des liens étroits entre les antécédents d’utilisation d’antibiotiques d’une personne et la composition de son microbiote intestinal, avec des effets également sur la diversité des espèces bactériennes. Il s’avère que certains types d’antibiotiques en particulier peuvent être associés à des modifications du microbiote intestinal jusqu’à 4 à 8 ans après le traitement.

« Nous pouvons observer que l’utilisation d’antibiotiques datant de 4 à 8 ans est aujourd’hui liée à la composition du microbiote intestinal d’une personne. Même un seul traitement avec certains types d’antibiotiques laisse des traces », explique-t-il. Gabriel Baldanzipremier auteur de l’étude et ancien doctorant à l’Université d’Uppsala. « L’utilisation des antibiotiques est prise très au sérieux en Suède et le pays a déjà une gestion stricte » de ces médicaments. « Les gens devraient continuer à suivre les recommandations de leur médecin. Cela dit, nos résultats aident à faire la lumière sur d’autres conséquences à long terme des antibiotiques qui sont rarement prises en compte », ajoute-t-il.

L’étude

Les chercheurs ont analysé les données du registre des médicaments ainsi qu’une cartographie détaillée du microbiote intestinal de 14 979 adultes vivant en Suède. Le microbiote intestinal a été comparé entre les participants ayant reçu différents types d’antibiotiques et ceux n’en ayant reçu aucun au cours de la période. L’étude a été rendue possible grâce au registre suédois complet des médicaments sur ordonnance, qui contient des informations sur tous les antibiotiques délivrés en pharmacie. Les chercheurs ont ensuite pu relier ces données aux biobanques suédoises des universités d’Uppsala et de Lund, contenant des informations sur le microbiote intestinal.

Différences entre les antibiotiques

Les résultats différaient selon le type d’antibiotique utilisé. Les associations les plus fortes avec les modifications du microbiome ont été observées pour la clindamycine, les fluoroquinolones et la flucloxacilline. En revanche, notent les auteurs, la pénicilline V, l’antibiotique le plus couramment prescrit pour traiter les infections en dehors des hôpitaux en Suède, était associée à de petites et brèves altérations du microbiome. « Le lien étroit entre la flucloxacilline à spectre étroit et le microbiome intestinal était inattendu, et nous aimerions voir ce résultat confirmé dans d’autres études », note Tove Fall, professeur d’épidémiologie moléculaire à l’université d’Uppsala et chercheur principal de l’étude. « Cependant, nous pensons que les résultats de notre étude peuvent aider à orienter les futures recommandations sur l’utilisation des antibiotiques, en particulier lors du choix entre deux antibiotiques tout aussi efficaces, dont l’un a un impact plus faible sur le microbiome intestinal. »

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L’étude n’a couvert que les prescriptions des 8 dernières années ; une période de suivi plus longue pourrait fournir des informations supplémentaires. De plus, le microbiome intestinal n’a été échantillonné qu’une seule fois par participant. « Nous collectons actuellement un deuxième échantillon auprès de près de la moitié des participants – conclut Fall – Cela nous permettra de mieux comprendre les temps de récupération et d’identifier quels microbiomes intestinaux sont les plus susceptibles d’être altérés après un traitement antibiotique ».